在打败唯一光撒之后不久，阿尔法兽与黑光等人便回归了主宇宙，即使他们想在那个世界多停留一阵休息休息也没有这个机会了，毕竟整个宇宙都已经没了……而之所以他们不继续像之前一样，马不停蹄的继续进行狩猎则是由于在这一次的战斗中黑光一次性吸收了整个大宇宙外加唯一光撒的庞大数据，数据量得到了空前巨大的提升，因此他必须要花点时间来消化这庞大的数据，并将其转化为自身的力量，若是不这么做的话，那么以他现在的体量而言无异于一枚行走的炸弹，一旦力量暴走，那后果必然是灾难性的，至于唯一04位面那些存活下来的数码兽们，也跟约定好的一样，跟随着他们一同来到了主宇宙，这也使得这个冷清的世界渐渐热闹了起来。
可以说，主宇宙的历史就是战争的历史……最初之时，有主宇宙的黄龙兽在位，镇压天地，可是一阵诡异的波动自虚无中来，摧毁了正在逐渐形成的秩序，六颗神秘的无限宝石一同降临，黄龙兽的时代就此逝去，天下亦开始大乱。
在那之后，最初的数码兽们分为了高阶天堂与烈焰地狱两个阵营，彼此之间攻伐不断，千百年来战火始终没有熄灭过，人形与兽形之间的矛盾也在那时悄悄埋下了隐患，随着时光的流逝，这样的矛盾终于是再也无可调和，以最糟糕的形式爆发了，三大天使内战，高阶天堂分裂，基路比兽带领兽形出走，这才有了后来的无限森林，天堂与地狱双方均在这场冲突中损失惨重，之后更是有奥创凭空降临，拉开了奥创纪元的序幕，将整个主宇宙，不，是整个多元宇宙都拉入了一片恐怖之中，当然也是在那时，超越者再现，引导着名为小光的少年降临此世，这次有了他后来传奇般的经历。
此后的主宇宙又先后经历了光暗大战，基路比兽叛乱，木偶兽暴走，黑暗虚空入侵，远征阿撒托斯，小光与启人，奥创的内战等等事件，可以说，战火不但没有减少反而还越来越多，这样的主宇宙早就已经被连续不断的战火折磨的疲惫不堪了，经历了这么多之后，存活下来的数码兽数量已经十分稀少，最后大家都聚集在了无限森林的世界之树诺达希尔附近，原本的天堂地狱等地都渐渐变成了荒无人烟之地，至于其余地方就更不用说了，如此之大的一个世界……却毫无生气可言。
不过情况到了现在终于有了改变，首先是小光和木偶兽从创世黄龙的世界回归之后就带回了一大批人来，包括了那个世界的四圣兽在内，还有许多其他的数码兽们，大家都是原本创世黄龙的国家，也就是万国的居民，自从创世黄龙陨落之后，他们也算是失去了家园，原本美好的天地大同模式的生活也是一去不复返了，他们整天都生活在唯一四圣兽和人类李璇微的阴影之中，那恐怖的玄黄气息，一卷之下万物皆无……就是这样终日看不见希望的日子，直到小光和木偶兽的到来才结束了，这二人带给他们带来了一些微小却难得的安全感，毕竟他们可是跟创世黄龙一起打败了高阶隐秘存在深渊之手的英雄，也只有他们才有可能抵御唯一四圣兽和李璇微的再次来袭了。因此，他们几乎没有人反对移民到主宇宙来，在这里，他们也开始了新的生活，很快就和本地的居民们打成了一片，渐渐的遗忘了那些恐怖的回忆……创世黄龙之前十分珍爱，养育的那些花草植物也一并被带到了主宇宙，种植在了世界之树诺达希尔之上，由世界之树为它们提供丰厚的养料，被这个世界的两大天使和外来的四圣兽一同轮流照顾着，并且由于主宇宙的四圣兽也已经不复存在了，这倒是刚好给了外来的四圣兽提供了位置。
至于小光和木偶兽……他们刚一回归没多久就又立刻出发了，因为他们现在的目标已经不光是寻找最后的世界树和缅因猫兽的线索，以及打败敌联盟了，对于李璇微和唯一四圣兽……他们二人，或者说木偶兽已经下定决心，无论如何都要与他们做过一场！创世黄龙的仇他非报不可！对于这样认真的木偶兽，就算是小光也没办法阻止，所以也就只能陪着他继续全多元的搜索了。
话说回到主宇宙这边来，黑光和阿尔法兽回归之后，又带了唯一04位面的许多数码兽们，黑光当时救下的数码兽数目其实非常惊人，在发动地爆天星的同时，黑光就已经悄悄开辟了一个独立的正常空间来保护他们，而那些效忠唯一光明兽的家伙则在之后的余波中被彻底毁灭，这样一来黑光救下的数码兽居然足足有数千之多，不说整个数码世界正常居民的全部，但至少七八成的数量却是有了的，再加上阿尔法兽保护下的两大天使和其他高级别指挥官数码兽，这一下又给主宇宙扩充了极大数量的人口，值得一提的是，来自唯一04位面的两大天使在得知了主宇宙也有两大天使之后，很快便联系到了他们，双方经过商量之后决定融合，保留下彼此人格和记忆的同时，直接在数码核的层面上彼此融合，这样一来他们的实力获得了大幅度的提升，如今的两大天使在没有修炼的情况下实力也已经达到了超究极体的顶点，也就是隐秘存在的临界程度，而且还多了唯一存在的机缘，接下来只需要小光的些许帮助，他们自己再进行一些修炼的话，成就隐秘存在就可以说是板上钉钉的事了。
这就是目前的主宇宙大体情况了，奥创纪元和连年征战带来的创伤正在变的越来越微小，主宇宙的一切都在向着欣欣向荣的方向发展着，而为了对抗将来可能出现，或者说必然发生的对敌联盟的决战，以及最后的世界树之战，只靠小光他们这些强者还是不够的，兵对兵，王对王，主宇宙有了王却没有兵，为了解决这样的问题，继承了奥创留下的绝大部分资源的无限龙兽，或者应该说现在的混沌龙兽X，和钢铁海龙兽这二人再度开启了燃烧军团计划，准备再次筹备一个由邪铸之后的邪能数码兽所组成的军团……
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