“约格斯大人，这是已经解放的宝可梦。”趁着混乱的时间，等离子队的人从飞云市各处收集来了各式各样的宝可梦，以及堆成山的待处理的精灵球。
约格斯是个看上去很慈祥的老人，与其他七贤士一样，身穿夸张的服饰。
他带着眼泪靠近那些因受惊而缩成一团的宝可梦，伸出手抚摸其中一只小约克。“王的愿望就要实现了，到时候就不会有宝可梦受苦了。”N一脸忧郁的表情，不知道在跟宝可梦交流着什么，手下的队员们帮忙照顾已经解放的宝可梦。
身为七贤士之首的魏奇思开始在港口举办演讲，这些事对斗也他们来说已经屡见不鲜了，无论是嚣张跋扈的等离子队，还是被蛊惑而主动解放自己的宝可梦的众人。
有一直以来用唱歌技能叫自己起床的上班族，热爱战斗却被叫去填写一大堆调查问卷的OL，跟着宝可梦一起起舞的舞者，还是带着破破袋一起清理楼道的清洁工……
当然，身为主角团的斗也他们显然不能无所作为，白露被抢走的食梦梦，还有消失的斗子小姐，这一切都非要讨回来不可。
龙之使者爱丽丝不知道又跑到什么地方去了，或许它已经回到龙之乡了也说不定，还有小智，不知道是不是在森林里迷失太久了，现在整个人也像个原始人一样，在树上荡来荡去。“是吧，皮卡丘。”
于是，现在出现在等离子队基地门口的，只有他们了。
“居然把基地建在道馆的对面，实在是让人料想不到呢，不过，身为飞云市的道馆馆主，我可不能就这样算了。”亚提说着，派出了蜈蚣王使用毒尾破开了大门。
室内一片昏暗，装着杂物的箱子随意的堆在房间的角落，看上去不像是有人居住的样子。
忽然，电灯照亮了整个房间，N坐在一张椅子上，似乎已经恭候多时了。“这前面有受到迫害的宝可梦，我可不能让你们继续接近这里了。”
地下室里埋伏的等离子队队员陆续出现，而门外似乎也被堵上了。
“你是……N？”斗也依稀记得刚出发旅行的那天，N说着“让我再更多听听你的宝可梦的声音”之类的话就突然袭击过来的事。看来N也没有忘记：“距离上次见面已经过去很久了呢。”他看上去是一副凝重的表情。
“该问你为什么在这里吗，还是……”虽然早就知道N的立场，他加入等离子队也不是不可能的，就在斗也跟N对峙的时候，恭平忽然插嘴说：“虽然看你们这么熟络的样子，但我还是不得不打扰了。”
“既然他在这里，那就代表他是等离子队的对吧。”
“没错，想要穿过这里就必须打败我才可以。”N正面回应他。
众人面面相觑，最终目光聚集到斗也的身上。“我想，你们的恩怨就由你们来解决吧。”恭平说，阿修虽然有些不满意，但还是补上一句：“要赢啊。”芽衣跟着在一边起哄：“当然会赢的吧。”另一边的两位馆主同样没什么意见。
而白露傻笑着。“在战斗方面我帮不上忙，但我相信斗也一定会获胜的，我的食梦梦就拜托你了。”
N，你究竟是怎么想的？无论是N背负的信念，还是N的所作所为，斗也已经无法搞清楚了，但是有一点是明白的，那就是在这里击败你，然后把斗子小姐接回来。
“N，来决斗吧。”
双方的战斗一触即发，斗也躲过圆蝌蚪的水枪然后扔出一发精灵球。“上吧，青藤蛇。”
青藤蛇向对面使出了青草搅拌器，不过没有那么容易，N后退一步，搬运小将猛锤地面，使出尖石攻击化解了攻击。“听不见宝可梦的心的你，是赢不了我的。”N说着，一只始祖小鸟发动了攻击，是啄食。
斗也的青藤蛇被击退。“可恶，实在是难缠。”
青藤蛇持续使出青草搅拌器来干扰对面，但通通被守在N身边的搬运小将挡下，接下来是圆蝌蚪的水枪，毫无破绽的三角攻击，但斗也依然不认为自己会输。“能跟宝可梦交流真是便利啊。”
“但是，那只不过是你的傲慢罢了。”就像玩《恶魔城》，不是只要一昧的升等就好。“因为变强是训练家和宝可梦共同的责任。”
N愣了一下，但青藤蛇的攻击已经袭来，身边的搬运小将立刻上前阻挡。
“就是现在！”斗也扔出第二个精灵球，搬运小将利用立起来的岩壁挡住了青藤蛇的攻击，不过已经晚了。“这就是我和我的宝可梦的羁绊！”
斗也跟打击鬼一同使出踢击破开了岩壁——鲨鱼踢！
N被这一击狠狠击飞出去，手下的宝可梦立刻聚集到了他的身边。“不用担心，我没事。”
“王...”约格斯似乎想说什么。
“又一个谜题...”N充满迷茫，他沉寂了一会，然后抱着受伤的宝可梦离开了。
“那么，可否请你们将夺走的宝可梦还回来呢？”亚提说着，而阿修忽然想起妹妹的扒手猫还没拿回来，于是也跟着叫道：“还我妹妹的扒手猫！”
既然N已经离开了，约格斯也没有继续坚守的理由。“我们走。”
“不好！他们要坐运输机逃跑！”斗也喊着。
一部分的等离子队成员留下来阻拦他们，剩下的坐电梯到了顶楼，而事先准备好的运输机发出巨大的轰鸣声，留给斗也他们的时间已经不多了。
处理完阻碍他们的等离子队队员，然后冲向前往顶楼的电梯，电梯不断上升，突破顶楼的时候，斗也他们看到巨大的运输机从他们的头顶飞过，其中约格斯站在运输机的门口与斗也面面相觑，那张脸看上去冷淡无情。
等离子队的家伙们已经离开了。
“他们走得那么快应该来不及带走全部的宝可梦。”恭平说，而斗也这才从恍惚中清醒。
斗也他们闯进地下室，那里藏着围成团的宝可梦，还有被宝可梦包围着的捆在地上的斗子小姐。